La máxima autoridad de la AHIBA es la Junta de Directores, integrada por un representante propietario y dos suplentes por cada uno de los Bancos Miembros.

La Junta de Directores elige a una Junta Directiva de ocho miembros, integrada por el Presidente, Primer Vicepresidente, Segundo Vicepresidente, Secretario, Tesorero, Vocal I, Vocal II, Vocal III, que duran en sus funciones dos años, pudiendo ser reelectos. Esta Junta Directiva cuenta con el apoyo gerencial de un Director Ejecutivo.

Las Asambleas Generales Ordinarias de la AHIBA se verifican una vez al año, durante el mes de julio.

Capítulos

La Junta de Directores de AHIBA ha autorizado la formación de Capítulos en las ciudades de San Pedro Sula, Puerto Cortés, Choluteca, La Ceiba, Juticalpa y Danlí. Los capítulos tratan los asuntos que afectan a la industria bancaria en su zona de influencia y en caso de ser necesario, los trasladan a la atención de la Junta de Directores.